تعتبر المياه من أهم الموارد الطبيعية على الإطلاق لأنها أكسير الحياة. ولمعرفة أماكن وكميات ونوعية المياه الجوفية من أجل المحافظة على تلك الموارد في إمارة أبوظبي اشتركت الحفر الوطنية مع شركة الدراسات الجيولوجية الأميركية لوضع برنامج أبحاث المياه الجوفية لإجراء الأبحاث الضرورية عن موارد المياه الجوفية والكميات المتوفرة في الإمارة.

ومنذ بداية البرنامج في عام 1988، وضع الخبراء في برنامج أبحاث المياه الجوفية قاعدة بيانات عن المياه الجوفية شملت الكميات والمخططات التي توضح أماكن الموارد المائية في الإمارة إضافة إلى إصدار أكثر من 200 بحث علمي. كما تم من خلال البرنامج حفر ما يزيد على 600 بئراً لإجراء الأبحاث. وتقوم الحفر الوطنية بدور ريادي في إدارة هذا البرنامج وأعمال التخطيط الخاصة به.